クリーンインストールして改善するかなと考え、やってみました。
結果は、今のところ成功です。
行った内容は、
Leopard を消去してインストール
Time Machine から全データ復元
dotMac と同期したら、ディスクユーティリティ、キーチェーンアクセス実行
DVDからインストール（ローカルにないもの）
ローカルファイルからインストール
アップデート
ソフトウェア検査
です。
行った理由と手順を以下に記載します。
【Leopard を消去してインストール】
クリーンインストールで問題が解決するかを切り分け
【Time Machine から全データ復元】
まずは、システムフォルダのみをクリーンにしてどうかを確認するため
1. インストール中のデータの移行画面で、Time Machine から復元を選択
2. 項目の選択画面で、すべて選択
【dotMac と同期したら、ディスクユーティリティ、キーチェーンアクセス実行】
以前、OS インストール直後の dotMac との同期で、
Keychain First Aid にエラーが発生することがあったため
1. [ディスクユーティリティ] 起動
2. 起動ディスク選択
3. [ディスクを検証] クリッックし、エラーないこと確認
4. 起動ボリューム選択
5. [ディスクのアクセス権を検証] クリック
6. エラーあったら [中止] し、[ディスクのアクセス権を修復] クリック
7. [キーチェーンアクセス] 起動
8. [キーチェーンアクセス]-[Keychain First Aid] 選択し、エラーないこと確認
【DVD からインストール】
ローカルにインストールファイルのない項目を、メディアからインストール
【ローカルファイルからインストール】
ローカルにインストールファイルを保存してある項目を、インストール
【アップデート】
ファイルメニューにアップデートの確認をする項目のあるアプリケーションで、
確認を実行
【ソフトウェア検査】
ファイルの異常を確認するユーティリティを実行
1. [ディスクユーティリティ] で、[ディスクを検証] [ディスクのアクセス権を検証]
2. [Font Book] で、[フォントを検証] [重複を解決]
3. [ColorSync ユーティリティ] で、[Profile First Aid]
4. [キーチェーンアクセス] で、[Keychain First Aid]
以上。
気づいた点
[Backup] で保存先を iDisk に設定した項目は、差分ファイルがかなり増えるので、
一旦消去してやり直したほうがいい。
Mail は初回の起動で、ファイルの読み込み作業が始まる。（数分）
